> はじめまして、金野@初心者です

外垣です、こんばんは。

> 現在、あるツールを使ってソフト開発を行っています。
> 使用しているツールのバージョンアップ作業を行っています。新しいツールは別の
> フォルダに格納しています。
> デバッグ中にある関数を選択し”定義位置を表示”を行うと、古いツールのファイル
> を表示してしまいます。
> この動作は正しいのでしょうか?また、問題がある場合どこを直せば良いのでしょう
> か?

> リンクなどの設定は「プロジェクト」-「設定」で変更しています。
> リビルドは行っています。

「定義位置表示」は*.bscファイルを元に行われているので、
恐らく、プロジェクト設定でこの設定がオフになっており、
(ブラウザ情報を生成する)
かつ、古い*.bscが存在するんだと思います。
*.bscを消して、定義位置表示を実行すれば、
「ブラウザ情報を生成しますか?」と聞いてくると思います。