宮地@国土環境と申します。
思いっきりはずしているかもしれませんが...

> CでCGIアプリケーションを作成していますが、以下のような問題点が
> 発生しております。
>
> [現象]
> Windows 2000でCGIアプリケーションを動作させた場合、出力した内容
> が一部表示されない。(途中で出力した内容が途切れてしましました。。)
> 出力する場合は、printf(....)で実施しています。

stderrに大量の出力があったとき、上記の現象が起こったことがあります。
OSはSUN, cgiはperlでFortranで書かれたプログラムキックするという変な
仕様だったので、今回のケースには当たらないような気がします。
#今考えれば、fflush (stdout)で事足りたのかもしれません
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宮地 匡人
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国土環境株式会社
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