自己レスです。

そもそもの問題だったシャットダウン時に Socket Notification Sink というダイア
ログ発生ですが、下記サイトによると、MFC 内部でソケット通信時にウィンドウを
作っているらしく、それが悪さしているようですので、
思い切って、MFCを使わないでwinsock 関数でソケット通信をするようにしたら、
その後発生しなくなりました。

マルチスレッドアプリで、MFCのソケット通信を行うのは鬼門かも・・

http://www.apteryxware.com/xva/knowledgebase/topics/HELP__Socket_Notificatio
n_Sink_Error_Being_Generated_By_Windows.htm

皆様お騒がせいたしました。

by西田